2. 在檢查區間內，分成步行與靜止兩種狀態下進行檢查，比如：觀察是否有步行障礙等神經症狀、是 否有異常體溫和其它疾病的徵兆等，如認為有疾病徵兆或者認為異常時，將在耳朵上拴上“不合格” 　 的標籤，送回農場。只有健康的家畜才能容許加工成食用肉品。

3. 當牛出現以下徵兆時將會被判為“不合格”，體質衰竭而死或瀕臨死亡、昏睡狀態、體溫在40.6度以 上、可見狂牛病等神經障礙，不能站立、步行障礙等運動機能障礙及其它神經過敏狀態、有口蹄疫、 假性狂犬病、破傷風等很明顯症狀 (1995年時的確認事項)。

4. 解剖後，對每一頭的包括肌肉、內臟的所有部位都要檢查。特別是對極易感染的肺、心臟、肝臟等臟 器和淋巴結，切開進行詳細檢查。檢查過程中如發現可疑處，就將該家畜的屠宰後淨肉及內臟取走， 進行精密檢查。直到檢查結果出來為止，都被拴上標籤，在其它地方保管。

5. 合格的屠宰後淨肉 (屠宰後除去皮毛、內臟、頭和四肢先端後的部分)，由檢查官在多處蓋上SDA的 合格印，並發行衛生證明書。

6. 不合格的屠宰後淨肉及內臟，將不能作為食用肉品流通，在檢查官的監視下，進行廢棄處理。

經過審查後如發現問題，經檢查官再三通知卻未見改善者，將判處不符合制度並發出有可能對設施中斷 檢查的警告。

大腸桿菌的檢查與沙門氏菌的檢查
USDA/FSIS隨著食用肉品產業引進HACCP，對食用肉品處理場的日常大腸桿菌 (E. coli) 檢查義務化的同時，也對食用肉品處理場及生絞肉製造設施，設定了檢查沙門氏菌的成效規範。

大腸桿菌的檢查是用來判斷該設施的作業方法是否能妥當地排除家畜的糞便及腸的內容物造成的污染，以及是否會由此由此引發的微生物污染。肉的表面所存在的菌的數量的臨界值 (牛為0∼100 cfu/ cm2、豬為10 cfu/ cm2∼10000 cfu/cm2) 是參考與處理樣本數對應的頻率、取樣部位及取樣方法所制定的。在此範圍內的樣品，如果在之前的13回檢查中被發現有3回超過，那麼此設施的HACCP計劃將要重新修改。

大腸桿菌的檢查通常是按每300頭牛或每1,000隻豬取一個樣本的頻度進行。檢出超過臨界上限的大腸桿菌時，依從HACCP計劃，應立即停止生產流程、查明原因，採取對策以防再發生。

沙門氏菌的檢查，是為了確保HACCP實施過程中，為達到降低病原菌此一目的所做一切，是否有成效所作的檢查。如下所記，依肉的種類設定了年間的樣品數及所容許的陽性檢體數。

所容許的陽性檢體數是根據“基準線資料”所決定的成效規格與樣品數相乘得到的值，再乘以0.8所計算出來的。沙門氏菌的檢出比例在陽性檢體容許範圍下徘徊時，就說明HACCP取得了效果。

相反地，如被檢測出沙門氏菌的樣品數超過了容許範圍，FSIS將會檢視HACCP計劃中哪裡出現了問題，並審查檢體採取的時機、前回的檢查結果、該設施之HACCP計劃與執行的記錄等有關資料。